Το νομοσχέδιο, και ιδιαίτερα οι διατάξεις για τη διοίκηση των Ιδρυμάτων, συνάντησε την έντονη αντίδραση των πανεπιστημιακών. Από την άλλη πλευρά, βουλευτές του κυβερνώντος κόμματος, -όπως οι κ.κ. Κ.Καρτάλης και Σπ.Βούγιας- πρότειναν το τελευταίο διάστημα σειρά αλλαγών.
Οι προτεινόμενες αλλαγές αφορούν κυρίως στις εξουσίες που συγκεντρώνει ο νεοεισαγόμενος θεσμός του Συμβουλίου Διοίκησης των Ιδρυμάτων, που αποτελεί και τη βασική μεταρρυθμιστική πρόταση του υπουργείου Παιδείας.
Το υπουργείο Παιδείας, που δεν έχει αποκλείσει να υιοθετηθούν προτάσεις οι οποίες δεν θα αλλάζουν το πνεύμα και τη φυσιογνωμία των προωθούμενων αλλαγών, φέρεται να εξετάζει τροποποιήσεις της τελευταίας στιγμής στη σύνθεση του 15μελούς Συμβουλίου Διοίκησης των ΑΕΙ.
